Le séquençage du haploïdie soutient le modèle benêt du rat du Nil dans la pose sur le hyperglycémie

une Rat du Nil ( Arvicanthis niloticus ). B Chromosomes renforcés comme les associations nourriceries et paternelles. Les traverses montrent les similitudes compris les séquences. Pour d’calculer le simulacre d’hétérozygotie, les assemblages ont été modifiés à éloigner de à eux versions GenBank quand décrit comme Matériels et méthodes. c libertés contig N50 dans le rat du Nil ( Arvicanthis niloticus écarlate), souris apprivoisé ( Mus musculus firmament), rat de Norvège ( Rattus norvegicus , firmament) et 106 hétéroclites génomes de rongeurs déposés comme GenBank. L’exhaustivité de l’contrat a été évaluée à l’avantagé des scores BUSCO, indiquant une exhaustivité levée et un équilibre envoient de gènes en flottante qui devraient créature des gènes à double entier comme les génomes de rongeurs. le renfermer: BMC Génétique (2022). DOI : 10.1186 / s12915-022-01427-8″ width=”800″ height=”530″/>

Cardan du haploïdie du rat du Nil. une Rat du Nil (Arvicanthis niloticus). B Chromosomes d’chèvre comme les retrouvailles nourriceries et paternelles. Les traverses montrent les similitudes compris les séquences. Pour d’calculer le simulacre d’hétérozygotie, les assemblages ont été modifiés à éloigner de à eux versions GenBank quand décrit comme Matériels et méthodes. c Pouvoirs Contig N50 dans le rat du Nil (Arvicanthis niloticusécarlate), souris apprivoisé (Biscoteaux Biscoteauxfirmament), rat de Norvège (rat norvégienfirmament), et 106 hétéroclites génomes de rongeurs ont été déposés comme la comptoir de gènes. Omnipraticien L’exhaustivité de l’contrat a été évaluée à l’avantagé des scores BUSCO, ce qui indique une exhaustivité levée et un équilibre envoient de gènes en flottante qui devraient créature des gènes à double entier comme les génomes de rongeurs. lui attribue : BMC Génétique (2022). DOI : 10.1186 / s12915-022-01427-8

Les organismes modèles sont obligatoires à la pose biomédicale et ont admis de nombreuses découvertes scientifiques importantes. La qualité de séquencer les génomes de ces modèles est un machine robuste dans décomposer les facteurs génétiques qui affectent la trempe altruiste.

La souris apprivoisé (Mus musculus) et la souris de Norvège (Rattus norvegicus) sont plantureusement utilisées comme la pose en conception de à eux similitudes génétiques pile les humains. Pourtant un distinct grignoteur exacerbé en médaille : Arvicanthis niloticus, la souris du Nil.

Une dépêche traité publiée aujourd’hui comme BMC Génétique Prête une liste de haute avantage génome Vers mêler le rat du Nil, en élargissant son virtuel en aussi que objet modèle.

“certains avons goût outils de recherche Ceci certains permettra de affaisser les mêmes choses pile le rat du Nil que certains avions l’comportement de affaisser pile le rat de hangar », explique Yuri Buchmann, zoologiste infographie au Stewart Group for Computational Biology à Morgridge et inventif important du essai. Le haploïdie de liste est une redoublement pour cet intègre.”

En spécifique, le rat du Nil sert de modèle oscillant comme un duo de domaines de pose où il existe des limites dans les souris et les rats de hangar – le hyperglycémie de marqué 2 et les émeute associés à un démarche circadien perturbé.

Les souris et les rats sont des bêtes nocturnes et sont en conséquence moins utiles dans modéliser les cycles gazettes humains. De surtout, ils peuvent ajouter des symptômes de pré-diabète pile une Régime riche en graissesNéanmoins, ils développent quelquefois des complications à étendu épilogue du hyperglycémie quand le font les public atteintes de la mauvais.

“Toi-même pouvez casser à eux gènes, toi-même pouvez à elles étendre très de assaisonné ou toi-même pouvez exciper des produits chimiques dans renforcer le évolution. Pourtant il y a très de facteurs de combinaison supplémentaires que toi-même devez enliser comme le modèle benêt dans décrocher ce que toi-même voulez”, dit Huishi Toh, expérimental rattaché du essai à l’C.E.G. de Californie, Santa Barbara.Il a ondulé pile Jimmy Thompson, leader éprouvé de la génétique régénérative à Morgridge et magister à l’UCSB.

Le rat du Nil est diurne et agissant oscillant la date quand les humains. Il a comme surtout de photorécepteurs comme son œil que les rongeurs nocturnes, ce qui le rend judicieux dans l’traité des maladies rétiniennes humaines – y imprégné la rétinopathie diabétique.

“Il y a davantage de la affermi dans de nombreuses découvertes comme le hyperglycémie de marqué 2, pile des questions duquel il est ardu de rapporter”, explique Toh. “C’est conséquemment certains avons pensé qu’il voyait possiblement température de braver un froid modèle benêt.” “Ceci signifie-t-il qu’il est surtout concret ou pouvez-vous rénover d’hétéroclites modèles ? Non, détenir sûr que non. Pourtant toi-même pouvez deviner contradictoires informations qui peuvent comme créature utiles.”

Un distinct gratifié de la souris du Nil est qu’miss agit quand un modèle d’réunion, ce qui signifie que sa ancestral reflète une masse diversifiée. Divergentes souches de souris de hangar ont été élevées oscillant des générations, ce qui a donné des populations stables quasi congénitalement conformes. Cela est fructueux dans atrophier la variance expérimentale, simplement moins fructueux lorsque de l’traité de facteurs génétiques complexes qui contribuent à la mauvais.

“Certains savons comme que l’épigénétique est simplement importante – l’cadre recoupe les composants génétiques – certains nécessitons en conséquence décomposer les un duo de. C’est conséquemment certains avons goût d’un haploïdie de haute avantage dans accorder de le affaisser”, explique Toh.

Le haploïdie du rat du Nil est le fourniture d’une importante association internationale impliquant le Vertebrate Genome Project, un société de chercheurs qui vise à accoupler des génomes de avantage de liste de toutes les numéraire de vertébrés.

La technologie permettant de prétendre un séquençage extraordinairement concret du haploïdie totalitaire est en comparaison dépêche. En verge avant-première, dans une prolixe suite génomique, les séquences d’ADN doivent créature coupées en longueurs surtout courtes compris 100 et 300 nucléotides, avec réassemblées en séquences contiguës surtout longues (contigs). Pourtant cette avènement a gestion à parachuter très de lacunes.

“Une ressemblance importante de la avantage du haploïdie est la quantité norme d’un contig. Fondamentalement, surtout il est étendu, moins il y a de lacunes”, explique Buchmann. “À nous nation est l’un des surtout longs.”

L’entente de pose a appliqué la technologie de séquençage à scolarité longuette dans accoupler des constituants surtout longs de lectures fonction de 10 000 à 20 000 nucléotides. Ils ont comme assidu discordantes techniques supplémentaires dans grouper les contigs assemblage comme des échafaudages qui s’étendent sur toute la quantité du chromosome. Bref, ils ont pu régler radicalement un duo de copies du haploïdie – la double que l’avant séquencé a héritée de sa héroïne et la double de son innovant.

« Ces technologies se développent extraordinairement infatigablement », déclare Buchmann. “Je crois que Saint Graal Ce serait commodément la qualité de séquencer un chromosome totalitaire et de le affaisser pile habileté. Pourtant ce n’est pas davantage gagné.”

Une distinct ressemblance consiste à envisager l’exhaustivité du haploïdie. L’entente a analysé les séquences de souris indican naturel à une alcali de moment accueillie BUSCO (Général Single Copy Orthologue Normes Measurement), qui prête un assemblage de gènes communément trouvés comme la troupe impliquée comme l’renouvellement, en l’moment les rongeurs.

“Certains sommeils principalement comme la même coalisé que les hétéroclites organismes du modèle des rongeurs”, déclare Buchmann. “Certains avons trouvé des séquences complètes de 99 % des gènes BUSCO, certains ne manquons en conséquence pas très de séquences codant dans les protéines.”

En même temps que un séquençage de haute avantage en dextre, les chercheurs ont recherché des modèles comme le haploïdie, littéraux que des gènes qui ont un affluence de copies disparate dans le rat du Nil et dans la souris apprivoisé, qui pourraient créature des candidats dans une traité future.

Ils ont comme assidu Kinderminer et Serial KinderMiner (SKiM) – des applications développées par le Stewart Computational Biology Group à Morgridge – dans harceler les résumés PubMed et vérifier les gènes associés au hyperglycémie de marqué 2.

“Certains n’avons pas de ‘parabellum fumigène’ à ce palier”, dit Buchmann. “Toi-même pouvez infiniment décrocher une bibliographie de gènes. Pourtant plus, hein savez-vous qu’ils comptent simplement comme le hyperglycémie ? Ceci prendra des années et des années de service irréligieux.”

Présentement que le rat du Nil a un haploïdie de liste de haute avantage, Buchmann et Tuh espèrent que l’essence sera utilisée surtout plantureusement comme recherche biomédicale.

“Les nation sont réticents à exciper de originaux modèles bêtes, car ceci implique très d’fonds, très d’efforts et très de risques”, explique Toh. “Pourtant certains avons décidé d’contrefaire la entremise peu baptisé. Je pense que demeurer à la pose, c’est deviner contradictoires saveurs et changés chemins. Et certains avons enlevé une rivalité de ce incertain.”

Encore d’interrogation:
Huishi Toh et al, l’contrat du haploïdie déterminé par haplotype facilite l’fouille de la alcali ancestral du hyperglycémie, BMC Génétique (2022). DOI : 10.1186 / s12915-022-01427-8

la annotation: Le séquençage du haploïdie soutient le modèle benêt du rat du Nil dans la pose sur le hyperglycémie (9 brumaire 2022) Enlevé le 9 brumaire 2022 de https://phys.org/magazine/2022-11-genome-sequencing-nile-rat-animal.html

Ce manuscrit est prosterné au sincère d’inventif. Néanmoins toute habitude droit à des fins d’traité ou de pose intérieure, aucune rivalité ne peut créature reproduite hormis accréditation calligraphiée. Le renfermé est énuméré à armes instructif textuellement.

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